Elmi Şura İnstitutun ali idarəetmə orqanıdır. Elmi şuranın heyəti direktordan (Elmi Şuranın sədri), direktor müavini və elmi katibdən, institutun funksional fəaliyyətini təmin edən struktur bölmələrinin rəhbərlərindən, alim və mütəxəssislərdən ibarətdir. Elmi Şura fəaliyyətində Prezidentin fərman və sərəncamlarını, Kənd Təsərrüfatı Nazirliyinin qərarlarını, Aqrar Elm və İnnovasiya Mərkəzinin əmr və göstərişlərini rəhbər tutur. Elmi Şurada ilboyu elmi-tədqiqat işlərinin metodikaya uyğun yerinə yetirilməsinə, doktorant və dissertantların dissertasiya işlərinin gedişinə, yuxarı təşkilatların məktublarına baxılır. Elmi Şuranın 21 üzvü var. Elmi Şura ayda 1 dəfə (ehtiyac olarsa 2 dəfə )  keçirilir. 2019-cu ildə Elmi Şuranın 18 iclas keçirilmişdir.