Elmi Şura İnstitutun ali idarəetmə orqanıdır. Elmi şuranın heyəti direktordan (Elmi Şuranın sədri), direktor müavini və elmi katibdən, institutun funksional fəaliyyətini təmin edən struktur bölmələrinin rəhbərlərindən, alim və mütəxəssislərdən ibarətdir. Elmi Şura fəaliyyətində Prezidentin fərman və sərəncamlarını, Kənd Təsərrüfatı Nazirliyinin qərarlarını, Aqrar Elm və İnnovasiya Mərkəzinin əmr və göstərişlərini rəhbər tutur. Elmi Şurada ilboyu elmi-tədqiqat işlərinin metodikaya uyğun yerinə yetirilməsinə, doktorant və dissertantların dissertasiya işlərinin gedişinə, yuxarı təşkilatların məktublarına baxılır. Elmi Şuranın 21 üzvü var. Elmi Şura ayda 1 dəfə (ehtiyac olarsa 2 dəfə )  keçirilir. 2019-cu ildə Elmi Şuranın 18 iclas keçirilmişdir. 

                     Elmi Şuranın 2020-ci il üçün tərkibi:

1. Xəlilov E.A. – İnstitutun direktoru, b.e.f.d., dos.,           sədr
2. Cabbarov S.F. – direktor müavini, a.e.f.d.,dos.,            sədr müavini
3. Bağırova M.V. – elmi katib                                            katib       
4. Tağıyev Ə.Ə. – Texniki bitkilərin seleksiyası şöbəsinin müdiri, a.,e.,d., dos.
5. Hüseynov K.Q. – Entomologiya şöbəsinin müdiri, b.,e.,f.,d., dos.
6. Kərimov F.Ə. – AEİM-nin direktor müavini, a.,e.,f.,d., dos.
7. Cəfərov Y.M. – Aqrar Xidmətlər Agentliyinin sədr müavini, b.,e.,f.,d., dos.
8. Ağayev F.Ə. – Pesdisidlərin sınağı və herbologiya laboratoriyasının müdiri, a.,e.,f.,d., dos.
9. Vəliyeva M.A. – İnformasiya təminatı və elmi nəticələrin tətbiqi şöbəsinin müdiri a.,e.,f.,d., dos.
10. Mahmudov T.Q. – Genetika və genefond laboratoriyasının müdiri, b.,e.,f.,d.,dos.
11. Ağayev C.T. – Abşeron Təcrübə Stansiyasının direktoru,a.,e.,f.,d., dos.
12. Allahverdiyev Ş.H. – Abşeron Təctübə Stansiyasının baş elmi işçisi, b.,e.,f.,d.,
13. İbrahimov A.C. – Aqrokimya laboratoriyasının müdiri, a.,e.,f.,d., dos.
14. Məmmədov O.H. - Texniki bitkilərin seleksiyası şöbəsinin aparıcı elmi işçisi, a.,e.,f.,d.,dos.
15. Hüseynov H.Q. – HH Group-un rəhbəri, a.,e.,f.,d.
16. Məmmədov Q.Q. – Biotexnologiya laboratoriyasının müdiri, a.,e.,f.,d.,
17. Bayramov Q.F. – Bioloji üsul laboratoriyasının müdiri, a.,e.,f.,d.,.
18. Mahmudov H.A. – Fitopatologiya şöbəsinin müdiri
19. Marlamova D.S. – Texniki bitkilərin aqrotexnikası şöbəsinin müdiri
20. İsmayılova X.B. – Texnologiya laboratoriyasının müdiri
21. Kazımov M.İ. – Texniki bitkilərin toxumçuluq şöbəsinin müdiri